Deze benedictijnenabdij is in de 6de eeuw gesticht door koningin Clothilde, echtgenote van Clovis, de eerste christelijke koning van Frankrijk. Het is de laatste rustplaats van de heilige Germanus, de 5de-eeuwse bisschop van Auxerre.
Met name de deels Karolingische crypte is interessant. Deze is gebouwd tussen 841 en 859 en later gedeeltelijk verbouwd in gotische stijl. De crypte vormt op zichzelf een ondergrondse kerk. Zeer bijzonder zijn de fresco’s uit circa 850. Voor zover bekend zijn dit de oudste fresco’s in Frankrijk. Ze hebben de steniging van de heilige Stefanus uit en het Laatste Oordeel als thema.
De gotische abdijkerk is opgetrokken tussen de 13de en de 15de eeuw op de plaats van oudere kerken. De 12de-eeuwse klokkentoren is 51 meter hoog. Deze prachtige Romaanse toren staat tegenwoordig vrij aangezien de meest westelijke traveeën in 1811 zijn gesloopt.
De abdij is in de 11de en 12de eeuw grondig gereconstrueerd. De monnikenzaal, de kapittelzaal en de sacristie getuigen van de middeleeuwse toestand. In de 17de en 18de eeuw volgt een herbouw van o.m. de slaapzalen, de refter en het abdijverblijf. In het klooster is het Musée St-Germain gesticht. Daarin zijn regionale archeologische vondsten geëxposeerd van de prehistorie tot eind middeleeuwen. Daartoe behoren Gallo-Romaanse vondsten, stenen sarcofagen van vergeten bisschoppen en de tombe van St.-Germain.
Informatie m.b.t. openingstijden en rondleidingen vind je op www.auxerre.fr/Attractive/Patrimoine/L-abbaye-Saint-Germain (Franstalig)